在經歷學園都市暗部之間的激戰(zhàn)后，暗部組織“集團”成員回歸到任務與日常交錯的生活中。有一天，“集團”的全體成員收到學園都市統(tǒng)括理事會的命令集合，任務內容為殲滅挾持孩童做為人質、威脅要引爆位在學園都市地底深處的超大型粒子加速裝置的恐怖分子“迎電部隊”。任務在集團成員的合作之下順利解決，然而過程之中，他們意外發(fā)現了學園都市最高機密、代號為“龍”的暗部的相關情報…。