因?yàn)榈邦^博士出現(xiàn)，索尼克險(xiǎn)些思域外太空。危急時(shí)刻，索尼克抱著賭一把的心態(tài)用假翡翠發(fā)動(dòng)了混沌控制，成功穿越到方舟上。沒過多久，索尼克再次遇到了夏特，并再次和他展開對(duì)決。另一方面，蛋頭博士和塔爾斯他們意外發(fā)現(xiàn)了杰拉德欲打算用方舟撞毀地球的計(jì)劃和他遺留下來的日記。為了拯救世界和活下去，蛋頭博士不得不與索尼克他們聯(lián)手......