被帝國(guó)星人雷奧尼克斯打敗并毀掉格斗儀的美菲拉斯星人雷奧尼克斯無助地漂泊著，突然發(fā)現(xiàn)了一把插于地上的純黑色的劍，拔劍，穿上鎧甲，他變成了鎧甲美菲拉斯。另一方面，在初次見到鏢形物體的時(shí)候已經(jīng)疑心的隱岐終于確認(rèn)那是賽文奧特曼的頭鏢，這一結(jié)果震驚了眾人。此時(shí)，頭鏢發(fā)出光芒呼喚雷。順著呼喚的指引，盤龍?zhí)栠M(jìn)發(fā)的途中遇到了鎧甲美菲拉斯并被擊落。雷變?yōu)槔讑W尼克斯形態(tài)持頭鏢與其展開格斗，卻受傷被打落山崖。外出尋找雷的眾人救起了他，并從與鎧甲美菲拉斯的對(duì)戰(zhàn)中知曉一切的雷口中得知了暗黑鎧甲的事情。雷不顧受傷的身體執(zhí)意前往呼喚的地點(diǎn)。于是BOSS做出了熊野留守并修理飛船，其余人分乘兩架急速號(hào)前往的決定。在暗黑鎧甲的封印地，鎧甲美菲拉斯再次遭遇了帝國(guó)星人，但自大的帝國(guó)星人和其所召喚出的亞利蓋拉卻被獲得邪惡力量的暗黑美菲拉斯瞬秒。鎧甲美菲拉斯解開了封印，不想被暗黑鎧甲卸磨殺驢。眾人趕到后，雷召喚出哥莫拉與利特拉戰(zhàn)斗，可是在超乎想象強(qiáng)大的黑暗鎧甲面前速敗。關(guān)鍵時(shí)刻，熊野駕駛修理完畢的盤龍?zhí)柷皝碇г?，但似乎完全無效。此時(shí)雷拿出頭鏢向暗黑鎧甲擲去，將其右眼打開一個(gè)缺口，眾人驚訝的發(fā)現(xiàn)里面是被吸收的賽文奧特曼。賽文奧特曼的意識(shí)制約住了暗黑鎧甲的行動(dòng)，哥莫拉則發(fā)出了超振動(dòng)波……最后賽文能否成功脫困？他托付給雷的東西又是什么？