故事講述1942年的晉東城太陽旗肆虐，以坂本(紀永清 飾)、嚴丸為首的日本守軍對晉安城周圍的我根據地，進行了殘酷的大掃蕩。在一次伏擊戰(zhàn)中，武工隊隊長王亮(谷智鑫 飾)救下了貿然闖入的女干部方佳，兩人性格南轅北轍，一路磕磕碰碰彼此瞧不順眼。貌似柔弱的方佳竟成為敵后小村莊趙莊地下同志口中的女諸葛，她將家家戶戶的地道打通，連成錯綜復雜的地下網絡；以村口的客棧燈籠為信號，躲過了無數次的日軍搜查，甚至成功地救了王亮等人的性命，王亮不禁對這個看似弱不禁風的女同志刮目相看。坂本請來嚴丸的師傅日本劍圣木谷雄一、師弟矩丸以及民國第一殺手王亞樵的義子王定天來到晉東城剿殺王亮率領的這支八路軍武工隊，并執(zhí)行細菌戰(zhàn)爭這個喪盡天良的秘密計劃。