秦國瘟疫流行，秦王斥責(zé)呂不韋和陽泉君，為何今日才上奏此事，兩人只好辯解，本以為是普通的流民，誰也沒想到竟然是瘟疫所致。秦王略一沉思，咸陽是大秦的國都，如今國都動亂，非同小可！陽泉君有意逃避，便將處理瘟疫的事務(wù)推給呂不韋，還給呂不韋戴上了高帽子，加上嬴異人，也就是嬴政的父親，也在一旁認(rèn)可呂不韋的能力，秦王便將此事全權(quán)交給呂不韋。這下子，呂不韋進(jìn)也不是，退也不是，只能硬著頭皮接下這個燙手山芋。

如今，咸陽城內(nèi)民不聊生，只能希望神醫(yī)出現(xiàn)，醫(yī)治瘟疫之癥，呂不韋聽說鄒衍(宋來運 飾)帶著徒兒來到咸陽，不禁大喜過望，準(zhǔn)備向鄒衍老先生求助。另一邊，星云(郭曉婷 飾)以琴清的身份在秦國行醫(yī)救人，她本來就是一個善良的女子，看不得百姓受苦，不顧自己有被傳染的危險，衣不解帶地照料病人，百姓們紛紛跪下，感謝救命之恩。這天，星云正在開藥方，忽然被呂不韋派人請到府中。

星云見到呂不韋府中點燃著龍涎香，不禁非常驚訝，因為龍涎香是趙國特產(chǎn)，十分珍貴，每年產(chǎn)出寥寥無幾，沒想到在呂府竟然得見。這時，呂不韋緩緩走出，他贊嘆道，沒想到大名鼎鼎的琴清神醫(yī)，竟然是個年紀(jì)輕輕的小女子。星云直視著呂不韋的雙眼，開口直呼他的名諱，呂不韋愣住了，他仔細(xì)打量著星云，詢問她和元宗(杜奕衡 飾)之間的關(guān)系。星云的眼睛漸漸紅了，感到胸口劇痛襲來，呂不韋也非常激動。原來，呂不韋竟然是星云的親生父親！當(dāng)年，呂不韋被迫將星云母子托付給元宗，后來相隔天涯，再也不曾相見，沒想到如今卻在咸陽城內(nèi)見到，呂不韋分外欣喜，但星云不愿認(rèn)這個父親，在她心里，父親拋棄妻女，不可原諒。

另一邊，在烏家堡中，連晉(趙振廷 飾)正在磨煉兵器，指導(dǎo)士兵。烏堡主非常滿意，他很喜歡連晉，也認(rèn)可這個小伙子成為自己的女婿，奈何烏廷芳(夏楠 飾)心有所屬，烏堡主雖然身為父親，也無法勉強(qiáng)。而此時，項少龍(陳翔 飾)正在呂府中閑逛，沒想到遇見了星云，他得知眼前的女子名為“琴清”，非常吃驚。趙盤晃晃悠悠也來到了咸陽，他沒有要趙穆(于波 飾)的盤纏，所以窮困潦倒。趙盤無意中得知，鄒衍先生的弟子就在城內(nèi)治病救人，便猜測這神醫(yī)就是琴清。

在秦國王宮之中，秦王病怏怏地跌坐在地上，經(jīng)過醫(yī)生診治，秦王確定患上了瘟疫，王宮頓時陷入了慌亂之中。為了平息瘟疫，秦國士兵開始在街上抓捕患病的百姓，將他們?nèi)筷P(guān)押到若水村，隔離起來，趙盤雖然沒有患病，但他衣衫襤褸，也被當(dāng)做乞丐抓進(jìn)了若水村。秦王還命令呂不韋在十天內(nèi)治好瘟疫，否則貶為庶民。陽泉君得意洋洋地來宣讀旨意，呂不韋氣得牙根癢癢。

當(dāng)星云得知百姓們被關(guān)押在若水村后，她義憤填膺，說什么也要前往村莊。呂不韋百般不愿，他可不想讓愛女置身險境，但卻拗不過倔強(qiáng)的星云。當(dāng)星云在呂府內(nèi)晾曬藥材時，和項少龍偶遇，但是星云擺出一副冷冰冰的樣子，拒人于千里之外。曬完藥材，星云便啟程前往若水村，項少龍護(hù)送她前行，結(jié)果意外遇到荊俊(梁霆煒 飾)，幾人還在若水村找到趙盤。。另一邊，李原送給趙雅(陳秀麗 飾)一些龍涎香，趙雅非常高興，而趙穆卻還在打著連晉的主意，希望連晉能夠被自己所用。