藤丸順利制止了Hornet組織的壯烈戰(zhàn)斗計(jì)劃，也成功控制了利用網(wǎng)絡(luò)犯罪的魔彈之射手，但令人意想不到的是，藤丸又遭遇了新敵人的攻擊，而且這個(gè)人竟然還是和他一起打工的同事響。對(duì)于沒(méi)有預(yù)料到的朋友的背叛，藤丸無(wú)法掩飾內(nèi)心的動(dòng)搖，就在藤丸遇到危機(jī)這時(shí)，本來(lái)早已失蹤的音彌突然出現(xiàn)了，事情朝著更加讓人想象不到的方向發(fā)展。為了追查逃走的響究竟在何方，藤丸開(kāi)始了黑客行動(dòng)，陪在他身邊的音彌接到了瑪雅的一封手機(jī)郵件，對(duì)方請(qǐng)求幫忙調(diào)查一個(gè)叫永田三郎的人物，他曾要求釋放魔彈之射手。音彌馬上拜托藤丸幫忙調(diào)查永田三郎的下落，可是藤丸卻覺(jué)得音彌有些不對(duì)勁，心里開(kāi)始有疑問(wèn)。另一方面，瑪雅接受九條的命令，正在秘密調(diào)查永田和“第三個(gè)皇帝”之間的關(guān)系，她和藤丸、音彌合作調(diào)查，終于查到了“第三個(gè)皇帝”的住處，但是他們?nèi)齻€(gè)人并不知道在那里等待他們的究竟是什么。